Willkommen zurück Commander!
Command & Conquer ™ Alarmstufe Rot ™ 2 Yuris Rache™ beginnt unmittelbar nach dem Feldzug der Alliierten in Command & Conquer Alarmstufe Rot 2. Die alliierten Streitkräfte haben die Rote Armee geschlagen und den russischen Präsidenten Romanov im Tower von London inhaftiert. Unglücklicherweise gelang dem russischen Agenten Yuri in letzter Sekunde die Flucht. Da er die Gedanken feindlicher Einheiten manipulieren kann, ist er ein mächtiger und gefährlicher Gegner.
Während die Alliierten noch ihren Sieg feiern, kehrt Yuri plötzlich mit einem Heer psychisch und genetisch manipulierter Mutanten auf die politische Bühne zurück. Doch damit nicht genug: Yuri hat verschiedene neue Technologien entwickelt, allen voran den heimtückischen Psycho-Dominator. Mit diesem kann Yuri seine Opfer seinem diabolischen Willen unterwerfen. In seinem Größenwahn plant Yuri die weltweite Stationierung unzähliger Dominatoren. Sollte es ihm gelingen, diese zu aktivieren, könnte er die gesamte Weltbevölkerung kontrollieren.
Als die Alliierten von Yuris Plänen erfuhren, attackierten sie augenblicklich dessen Stützpunkt auf Alcatraz. Es gelang ihnen zwar nicht, den dort stationierten Psycho-Dominator zu zerstören, aber immerhin konnten sie dessen Aktivierung verhindern. Nun haben die Alliierten nur noch eine Hoffnung: Sie müssen mit einer von Albert Einstein entworfenen Zeitmaschine in die Vergangenheit reisen, um den Dominator zu vernichten. Unglücklicherweise haben die Sowjets ähnlich Pläne. Sie wollen die Zeitmaschine stehlen, um Yuri das Handwerk zu legen … und um den Ausgang des letzten Krieges zu ändern …