Im Jahr 2062 stand die Menschheit am Rande der Vernichtung. Tiberium, das mysteriöse außerirdische Kristall, das die Erde in einen jahrzehntelangen blutigen Krieg zwischen der Global Defense Initiative (GDI) und der Bruderschaft von Nod gestürzt hatte, drohte den Planeten endgültig unbewohnbar zu machen.
Ausgerechnet in dieser Krise kehrte Kane, der prophetische Führer der Bruderschaft von Nod, aus seinem Exil zurück und eröffnete der GDI, er hätte ein System entwickelt, mit dessen Hilfe er das Tiberium kontrollieren und dessen Macht nutzen könne. Allerdings konnte er sein „Tiberium‐Kontrollnetzwerk“ nicht ohne Hilfe der GDI aufbauen.