Planetary Annihilation beinhaltet keine übliche Single Player Kampagne mit gescripteten Ereignissen und einer Storyline – stattdessen nimmt der Galactic War Spielmodus den Platz einer Kampagne ein.
In diesem Spielmodus kämpfen menschliche und computergesteuerte Spieler um die Vorherrschaft in einer zufallsgenerierten Galaxie. Auf einer strategischen Übersichtskarte können sie rundenbasiert Angriffe auf feindliches Territorium planen, die Schlachten selbst werden dann in Echtzeit wie ein normales PA Spiel mit eventuellen besonderen Bedingungen ausgetragen (wie z.B. einer vorinstallierten Befestigung beim Verteidiger). Sieg oder Niederlage in der Schlacht entscheidet darüber, wer der Besitzer des Territoriums wird. Spieler starten zudem mit einem limitierten Tech-Tree, auf der Karte können jedoch neue Technologien gefunden werden, die das eigene Arsenal erweitern.