In Planetary Annihilation gibt es anders als in herkömmlichen RTS Spielen nur eine Fraktion im traditionellen Sinne, das heißt alle Spieler haben in einem Match das selbe Arsenal an tödlichen Kampfmaschinen zur Verfügung. In einer Umfrage in 2012 wollte Uber Entertainment von der Community wissen, ob diese mehrere Fraktionen mit wenigen Einheiten oder eine Fraktion mit vielen Einheiten bevorzugen würde – die Umfrage fiel zugunsten einer Fraktion und dafür mehr Diversität innerhalb dieser Fraktion aus.
In der PA-Storyline wird dies so erklärt, dass die Roboter und Kampfmaschinen ihrer Schöpfer überdauert haben und darauf programmiert sind Technologie aufzuspüren und diese zu assimilieren oder zu vernichten. Da dies bereits vor tausenden von Jahren geschah, gibt es keine andersartige Technologie mehr, die man assimilieren könnte. Die Maschinenrasse hat bereits die beste Technologie zu ihrer Verfügung.
Dennoch gibt es mehrere Fraktionen in PA im politischen Sinne. Das Herz einer Maschinenarmee ist der Commander, welcher den Spieler repräsentiert. Dieser Commander kann sich in seinen Überzeugungen und Kampftaktiken durchaus von den anderen unterscheiden, was überhaupt erst die Ursache für den schwelenden Konflikt der verschiedenen mechanischen Armeen darstellt. Es gibt viele verschiedene Commandereinheiten mit unterschiedlichem Aussehen, diese können vor Spielbeginn von den Spielern ausgewählt werden.
Die erste enthüllte Fraktion ist die an die römischen Legionen angelehnte Legonis Machina, geführt von Commander Invictus.
Die zweite Fraktion ist die religiös fanatische Foundation, geführt von Inquisitor Nemicus.
Die dritte Fraktion ist The Synchronous, welche, angeführt von Metrarch dem Machinisten, alles biologische Leben zerstören will.
Die vierte Fraktion, The Revenants, wird von Osiris geführt und sucht absolute Perfektion. Andere Wesen und Machinen sehen sie als mangelhaft.