Sämtliche Pflanzenbestandteile des Wasserschierling sind stark giftig, insbesondere die durch Luftkammern schwimmfähigen Knollen. Die Giftigkeit wird durch Polyine, insbesondere das Cicutoxin, verursacht. Nach Verzehr bereits geringer Mengen kann der Tod infolge Atemlähmung eintreten. Nach einem alten preußischen Gesetz sollte die Pflanze wegen ihrer Giftigkeit ausgerottet werden.