Die Stadt heißt laut Hauptsatzung Hann. Münden. Dies wurde 2006 letztmalig festgeschrieben[2], und die Stadt wird auch beim Statistischen Bundesamt mit diesem Namen geführt.
Der ursprüngliche Name der Stadt, Münden, führte schon sehr früh zu Verwechslungen mit dem ähnlich klingenden Minden, das auch an der Weser liegt und früher ebenfalls von der Handelsschifffahrt aufgesucht wurde. Um ein Unterscheidungsmerkmal zu finden, schuf man die Bezeichnungen Hannoversch Münden oder Hannöverisch Münden im Gegensatz zu Preußisch Minden bzw. Minden in Westfalen oder auch Minden/Westfalen. Hannover wurde nicht wegen der Stadt, sondern wegen des Kurfürstentums und späteren Königreichs Hannover als Namensbestandteil gewählt. Dessen Annexion durch Preußen (Provinz Hannover) und spätere Umgliederungen blieben beim Stadtnamen unberücksichtigt. So hieß die Stadt weiterhin Hannoversch Münden. Goethe und die Brüder Grimm schrieben meist Minden, manchmal mit dem Zusatz Hannöverisch. Nach Münden adressierte Post tauchte regelmäßig in Minden und manchmal auch in München auf.
Der Name Hannoversch Münden passte wegen seiner Länge zum Beispiel nicht auf die Fahrkarten der Hannöverschen Südbahn. Er führte akustisch aufgenommen zu so abstrusen Bezeichnungen wie Hannover-Schmünden oder auch Hannover-Münden, was einem Stadtteil von Hannover ähnelt. Auch Hannover bei Münden oder Hannover bei München kamen damals vor. Die Abkürzung Hann. Münden (oft fälschlich Hann.-Münden geschrieben, was wieder den Stadtteil vermuten ließe) ist auch für Ortsunkundige verständlich. Bei der Gebietsreform 1971 scheiterte der Versuch, einfach nur Münden durchzusetzen, wie es sich auch umgangssprachlich eingebürgert hatte. Seitdem heißt die Stadt Hann. Münden. Die Einwohner der Stadt nennen sich Mündener, obwohl seit 1971 Hann. Mündener korrekt wäre.