Das Herz einer jeden Armee in Planetary Annihilation ist der Commander. Dieser Mech repräsentiert euch auf dem Schlachtfeld und ist ein Mix aus robuster Kampf- und Konstruktionseinheit. Wird der Commander vernichtet, verliert ihr im Normalfall das Spiel (es sei denn eure Armee verfügt über mehrere Commander oder ihr spielt einen besonderen Spielmodus).
Es gibt viele unterschiedliche Commanderdesigns, vor dem Spiel kann sich jeder Spieler das gewünschte Modell wählen. Hierbei gibt es auch einige spezielle Exklusivmodelle für Vorbesteller, welche jedoch nicht stärker sind als andere.
Die Modelle werden in 4 unterschiedliche Klassen gegliedert: Die Imperial Class, die Quad Class, die Raptor Class und die Tank Class. Die unterschiedlichen Klassen repräsentieren hier ebenfalls die 4 unterschiedlichen Fraktionen. Auf den folgenden Bildern erhaltet ihr einen Eindruck, wie sich die Commander der Klassen optisch unterscheiden:
